einkommensteuer nachzahlen musst du, weil du dich bereits im jahr vor der einkommensteuerveranlagung von deiner frau getrennt hast (oder deine frau die getrennte veranlagung gewählt hat), aber deine lohnsteuerklasse auf deiner lohnsteuerkarte nicht von III in I umgeändert wurde.

wenn du im veranlagungsjahr noch mindestens 1 tag mit deiner frau zusammengelebt hast, dann KANN (muss aber nicht) die zusammenveranlagung günstiger sein. denn in diesem fall hat deine frau aufgrund ihrer lohnsteuerklasse 5 und der getrennten veranlagung die von ihr zu viel einbehaltene lohnsteuer rausbekommen. bei zusammenveranlagung werden beide einkommen zusammengerechnet und danach die einkommensteuer festgesetzt. diese ist in der regel niedriger als die beiden einzelfestsetzungen.

wegen der günstigerprüfung dürftest du kaum chancen haben, die hat der bundesfinanzhof bereits mehrfach als richtig abgesegnet. http://juris.bundesfinanzhof.de/cgi-bin/rechtsprechung/list.py?Gericht=bfh&Art=en&sid=20464f67edface763491870f97f921b1

hab ich vergessen:

wenn eine zusammenveranlagung mit deiner frau möglich wäre, dann unbedingt innerhalb der einspruchsfrist einspruch einlegen.

ansonsten: lass es.